新生儿巨细胞病毒感染是由人类巨细胞病毒引起的。据细胞病毒属于疱疹病毒，普遍存在于自然界，感染的发生与地区、环境、居住条件、经济状况、性别、年龄等有关。
我国是cmv感染的高发地区，孕妇抗体阳性率达95%左右，母孕期初次感染或再发感染时病毒通过胎盘感染，胎儿呈先天性感染。再发感染包括母孕期潜伏感染、重新激活、复燃和不同抗原的cmb再感染。
新生儿出生时经常到吸入含cmv的分泌物或出生后不久接触母亲含有cmv的唾液、尿液、摄入带病毒的母乳、输血引起的感染，称为生期感染。由于哺乳中cmv排毒率约20%到70%，因此摄入带病毒的母乳是生后感染的重要途径。