肛周脓肿最常见的原因还是肛内的肛隐窝发生了感染。在没有得到及时治疗的情况下，肛隐窝内的感染顺着肛腺以及淋巴引流的方向，会蔓延到肛管直肠周围的间隙。间隙内的组织如果有发生坏死、液化的，就会形成脓液，可以表现为肛周脓肿的情况。
另外，还有一部分肛周脓肿的患者是由于外伤的因素。肛门外如果出现了损伤，细菌可以发生逆行性的感染，进而可能会导致肛周脓肿的形成。
再者，一些全身性的疾病，可能会伴发肛周脓肿的情况。比如有炎症性的肠病存在的，特别是克罗恩病，可以导致肛周脓肿的形成，或者是存在糖尿病、结核病或者是癌症等恶性的疾病，都可能会导致肛周脓肿的伴发。