灰指甲主要是由于皮肤癣菌侵犯甲板组织而引起的真菌性感染。
当甲板组织出现了破口或外伤时，很容易导致病原菌侵入，比如在美甲的过程中，某些动作或者美甲用到的化学物质伤害到指甲，使指甲变脆弱，则很容易感染细菌、真菌而出现灰指甲。还有长期穿一些不合脚的鞋子导致甲床变形，这样也增加了感染灰指甲的几率。
灰指甲也可能是继发于手癣、足癣等而引起的，特别是一些免疫力低下的人群，如长期服用药物的患者，机体在免疫力低时，病原菌更容易侵入，患灰指甲的机会也会增加。