头孢尼西钠为常见的头孢类抗生素，大部分人注射药物以后并无特殊的副作用，少部分的人会产生不良反应以及过敏反应，最常见的不良反应为注射部位的疼痛，表现为灼热感。
也有极为少数的人会出现过敏的反应，表现为发热，皮疹，荨麻疹，瘙痒等等。也会有部分人会出现胃肠道的症状，例如恶心、呕吐、腹泻等。
随着药物的停用，大部分的患者给予对症治疗以后，均可以好转，极少部分的人会出现过敏性的休克，因此此种药物在使用之前最好能进行皮试，应用后要及时监测患者的反应。