婴儿鹅口疮的治疗前，要到医院儿科就诊，进行相关检查来明确诊断。
如果确诊为鹅口疮，就需要进行对因综合治疗。以局部抹药治疗为主，全身治疗为辅。在医生的指导下使用等渗碱性类药液对口腔内膜进行清洗，同时用抗真菌药物涂抹。一般使用制霉菌素片研粉与生理盐水，或甘油，或鱼肝油，或康复新液调成稀糊状涂抹。坚持1周左右的治疗时间，鹅口疮就可完全痊愈。如果疗程不够，病情易复发，且易产生耐药。所以完成疗程是非常重要的。
同时要合理饮食，加强营养，及时补充益生菌调整自身菌群平衡，适当补充微量元素和维生素，搞好口腔卫生和餐具卫生等。