卵巢囊肿有生理性和病理性之分。生理性的卵巢囊肿的发生，可能与生活方式有关。生活习惯不好、经常熬夜、心理压力过大、饮食不规律会导致女性内分泌紊乱，增加患生理性卵巢囊肿的几率。
此外，急慢性盆腔炎，导致输卵管卵巢炎症，也可形成卵巢囊肿。病理性的囊肿包括子宫内膜异位囊肿、良性肿瘤、恶性肿瘤等不同原因，一般手术前完全明确病因比较困难。
子宫内膜异位囊肿的发生，与子宫内膜的种植特性或者遗传因素、免疫调节异常有关。而卵巢癌的发病原因主要是患者自身带卵巢癌的患病基因，大约20%的卵巢癌患者有家族史。