脑干梗塞根本原因就是基动脉分支闭塞，所以脑干梗塞的最直接的治疗方法，是在发病四个半小时内给予阿替普酶、尿激酶溶栓。
如果溶栓失败现在还可以机械取栓，除去这些溶栓或者是直接的取栓方法之外，如果是没有机会再取栓或溶栓，可以行保守治疗。
保守治疗就是以二级预防为主，服用阿司匹林、波立维抗血小板集聚，阿托伐他汀钙片软化血管、稳定斑块，血塞通活血化瘀改善循环，另外进行肢体康复对于脑梗塞的治疗也是非常重要的。