儿童手足口病可能会自愈。如果患儿的病情比较轻微，比如体温通常不会超过38.5℃，仅仅表现为嘴巴、手部、足部，以及臀部上长有皮疹，但患儿的精神状态较好、饮食正常，这类患儿通常可达到自愈。病程一般为5~7天，而且预后良好。
但也有少数手足口病患儿症状比较严重，病情发展迅速，容易诱发严重的并发症。常见的并发症主要有肺水肿、脑膜炎、脑炎等。
患儿可表现为反复性高烧、精神萎靡、食欲不振、嗜睡等，甚至严重者还可能会产生昏迷现象。这种情况的患儿则不能自愈，需要及时就诊，配合医生积极对症治疗。