小孩长期消化不良是会影响小儿发育的。如果小孩长时间消化不良的，孩子就不能充分地把吃下去的食物转化、吸收、利用成为其它物质，来满足小孩生长发育非常重要的时期。
如果消化功能症状没有得当及时正规有效的治疗，长期这样就会影响小儿营养素的吸收，影响小儿免疫力下降，而且还会严重影响宝宝的生长发育，以及大脑发育。
因此对于小儿长期消化不良，需要先明确诊断，然后对症性进行治疗，就可以不影响小儿发育。