脑室炎手术危险性不大，但也存在一定的风险性。
大多数的脑室炎以药物治疗为主，只有脑室炎疾病特别严重才考虑手术治疗。
患者应当尽早的进行腰椎穿刺，提取脑脊液，做细菌培养以及药品培养。根据致病菌的类型，选用能够通过血脑屏蔽的敏感抗生素类药物治疗。
如果药物不能够通过血脑屏障，应对脑室反复进行穿刺引流，给予脑室用药，在必要时可进行双管冲洗引流。在白细胞数量正常，或细菌培养呈现阴性结果后可拔管。如果接近脑室部位出现了脓肿，可考虑通过开颅手术切除囊肿，然后再使用抗菌盐水冲洗脑室，加强全身抗菌治疗。