肛周脓肿在急性的发作期可以吃头孢类的消炎药，也可以吃喹诺酮类的消炎药。不过喹诺酮类的消炎药的口服患者的人群要在18周岁以后，另外还可以口服阿奇霉素等消炎药物。
肛周脓肿如果采用保守的治疗方法，肛门的局部也可以涂抹红霉素软膏等药物进行对症的治疗。肛周脓肿通过消炎药物进行治疗，起不到根本性的治疗作用，主要就是以改善症状为主。
如果症状比较严重，脓液已经形成，单纯地通过消炎药治疗，效果往往不可靠，甚至有进一步加重的可能性。肛周脓肿的主要治疗方法还是需要通过手术进行治疗。在诊断明确以后，及早地到正规医疗机构进行手术治疗，目前也多是进行一次性的根治手术。