对于十二指肠白点综合征，需要选择合适的方法进行治疗。
对于一些胃酸过高者，可以选择H2受体阻滞剂来进行诊治，例如采用法莫替丁等药物，可以达到较好的诊治效果，或采用奥美拉唑等药物，也可以进行诊治。对肠胃的胃酸进行调整，避免出现胃酸过高的情况，还可以服用一些具有碱性的药物，例如氢氧化铝凝胶，达到较好的治疗效果。
若是幽门螺杆菌的在体内出现，可以服用抗生素来进行治疗，减少体内所出现的白点，也可以服用铋剂来进行诊治。