秋季拉肚子可能是消化不良、食物中毒、腹部受凉、肠道炎症等原因引起。
引起拉肚子较常见的是消化不良，由于平时饮食不节制暴饮暴食，造成胃肠道负担加重，从而导致胃肠道蠕动功能比较弱，食物不能完全消化刺激胃肠道，从而导致出现拉肚子。进食某些食物发生中毒，例如没有煮熟的扁豆、野生的蘑菇会出现拉肚子，伴有呕吐。
秋季气温下降，不注意腹部保暖，受到寒气的入侵会造成胃肠功能发生蠕动加快，引起拉肚子、腹痛。除此之外，肠道发生炎症，例如受到细菌或者病毒感染之后，也可引起发生拉肚子，伴有腹痛、肠鸣等表现。