裂腭的治疗原则是修复缺损，恢复解剖形态，改善恢复口腔功能，以及防止并发症的形成。
治疗上常使用手术治疗，用手术方法来尽早修复受损部位，使其外观尽可能恢复到正常人外观的水平，并恢复其生理功能，使其能正常发音。需纠正因裂腭引起的牙齿排列不齐以及咬合关系紊乱的情况，尽可能地恢复吞咽、记忆、咀嚼功能，以免影响患者进食。
需要及时防止裂腭引起的并发症，比如耳部、鼻部疾病。治疗上不仅需要治疗身体上的疾病，还需进行心理疏导治疗，使患者达到身心健康。