如果临床上证实肺结节是恶性的疾病，则需要通过以下几个步骤进行处理：
首先，完善患者影像学以及血液学的各项辅助检查，评估恶性肺结节的病变侵犯范围，确定患者的临床分期。然后根据临床分期不同，患者的体质状态评分不同，以及恶性肺结节的病理类型，采取不同的治疗手段进行结节病变的控制。
分期较早的恶性肺结节，尽量争取根治性手术。分期较晚的恶性肺结节，则需要做基因检测、免疫状态评定等辅助检查，指导靶向、化疗以及免疫治疗的临床应用。