自然流产多为早期流产，一半以上与胚胎染色体异常有关，主要表现为阴道流血和腹痛。自然流产的原因主要包括胚胎因素、母体因素、父亲因素和环境因素。
胚胎因素是早期流产最常见的原因，主要是胚胎或者是胎儿染色体异常，大约60%的12周之前的自然流产是这个原因造成的。
母体因素常见有全身性疾病、生殖器异常、内分泌异常、强烈的应激与不良反应、免疫功能异常等。父亲因素不多见，主要是与精子的染色体异常导致的流产有关。环境因素所致的流产主要是放射线及重金属污染造成的。