肛瘘一般2~3个月才会形成瘘管。肛瘘的形成多半是由于肛周脓肿破溃后引发，也不是在短时间内形成，是由于病情逐渐严重之后形成。
首先，会造成肛隐窝和肛门瓣部位发炎，炎症没有得到有效地控制，逐渐发展为肛门直肠周围炎，形成肛周脓肿。
肛周脓肿自行破溃后，破溃部位不收口，逐渐形成坚硬管道壁，也就是瘘管，再逐渐形成肛瘘内口、外口。这个过程大概需要2~3个月，但具体的时间因人而异，确诊肛瘘后需要及时手术治疗。