巧克力囊肿发生癌变的几率是很低的。但是有以下两种情况，我们就要考虑巧克力囊肿是不是有发生癌变的可能。
一种是有巧克力囊肿的病史，但是患者年龄比较小，属于青少年时期的女性，而且未婚未孕。这种情况下我们需要警惕巧克力囊肿恶变的几率。
还有一种就是有巧克力囊肿的病史，长达十几年或数十年，一直没有采用手术治疗或者是药物干预，这种长期慢性的刺激之下，有可能会引起巧克力囊肿周围的组织，发生增生病变。对于这两类患者临床上应该高度的给予注意恶变的发生。