脑脓肿可能需要手术治疗，主要针对于脓肿较大，临床症状比较严重的患者。脓肿的位置不同，手术的方式也不太一样。
如果脓肿在比较浅的位置，主要是进行切开引流处理，并且化验脓液，确定是真菌或细菌感染所引起，再进行相应的抗感染治疗。如果脓肿位置较深，主要是进行长针吸取脓液，然后进行活组织检查，并且向脓腔内注射抗感染的药物。
如果脓肿较小，并且引起的临床症状较轻，一般不需要进行手术治疗。主要是以抗生素或抗真菌的药物治疗为主，也可使用糖皮质激素或者利尿药物降低脑水肿。