卵巢囊肿的恶变率一般是不高的。卵巢囊肿绝大部分都是良性的，极少数的囊实性囊肿、实性的囊肿，或者有一部分实性、一部分液性的囊肿才有可能会是恶性的。
卵巢子宫内膜异位囊肿如果直径大于10厘米，血清CA125水平大于200IU/ml时容易恶变，双侧卵巢囊肿生长迅速的有恶变的可能。
如果超声检查发现囊肿内有乳头，囊肿内血流信号丰富，伴血清CA125或HE4水平增高，考虑卵巢囊肿恶变的可能性比较大。一旦发现卵巢囊肿，一定要尽早治疗，以防卵巢囊肿发生恶变。