男性生殖系统畸形是一种先天性泌尿生殖系统疾病，由于受精卵在发育的过程中，因生长障碍引起的不发育或者是发育不充分，而导致的生殖系统的畸形。
常见的泌尿生殖系统畸形有肾和输尿管先天性畸形、肾缺如和肾发育不良、异位肾、睾丸、输精管畸形、阴茎异常、前列腺畸形。睾丸畸形通常有分为无睾丸、多睾或者是睾丸大小异常。阴茎异常又分为阴茎短小或者是过大。缺如尿道口上裂或者是下裂等。
泌尿生殖系统畸形的治疗，主要是根据畸形的类型来做针对性治疗。