藏红花对痛经会有一定的效果，但是藏红花还会导致月经期延长以及月经量的明显增多。
临床上不会单独使用藏红花治疗痛经，因为藏红花具有很强烈的活血作用。中医上讲痛则不通，通则不痛。痛经是因为经络不通，所以才会出现。而藏红花有活血通经络的作用，才会使月经量明显增多，减轻痛经。可以作为中药方剂的其中一味来治疗痛经，但是不能单独使用。并且要在医院正规就诊后请中医科医生望、闻、问、切辨证论治之后，开具合适的中药配方煎煮后服用。
中医除了可以用中医藏红花一类的药物治疗痛经，还可以通过局部的微波治疗以及针灸这些治疗方式治疗痛经。临床上所见这些方法综合治疗途径的效果是比较显著的。