在通常情况下，如果呼吸性碱中毒没有经过积极的治疗，并且没有及时地治疗原发病，会有一定的后遗症。
例如呼吸性碱中毒的患者，会累及神经系统和心血管系统，轻者会有不同程度的心律失常，例如引发频发性室性早搏，严重时还会导致致命性的恶性心律失常的事件发生。此时通过积极的补液、纠正离子紊乱，是能够预防该并发症和后遗症的出现。如果严重的呼吸性碱中毒，留下明显的抽搐后遗症，此时也需要积极地来治疗原发病，使患者体内游离钙下降、使血钙下降，会出现体内神经、肌肉后遗症的发病率减低。
因此，患者对于呼吸性碱中毒是可能存在后遗症，但是通过积极的治疗，症状都会有明显的好转。