导致扁桃体发炎的病原体一般和细菌、病毒或支原体等微生物感染有关。
如果患者扁桃体发炎期间伴随有反复发烧症状，考虑存在病毒感染的可能性较大，单纯只根据患者的临床症状，可能并不能区分引发感染的病原体类型。
扁桃体发炎期间，必要时患者需要去医院进行血常规等检查。如果血常规检查显示淋巴细胞或单核细胞的计数升高，考虑存在病毒感染的可能性较大，多需要使用抗病毒药物和清热解毒的中成药进行治疗。
如果血常规显示白细胞或者中性粒细胞升高，一般考虑存在细菌感染，需要使用青霉素类或头孢类等广谱抗菌素进行治疗。