孩子长期咳嗽有痰需要明确病因，结合具体疾病进行治疗。
1.支气管扩张症。表现为咳嗽、咳浓臭痰伴有体温升高，跟厌氧菌感染有关，结合胸部CT检查可以确诊，大多数有肺结核、麻疹合并肺炎病史。需要口服敏感抗生素，口服祛痰药物，比如氨溴索、乙酰半胱氨酸等，必要时手术治疗。
2.肺结核。表现为咳嗽、咳痰、低热、身体消瘦等，结合胸片、痰液培养可以初步诊断，需要早期联合个体化口服抗结核药物。
3.百日咳。是百日咳杆菌感染引起的，表现为痉挛性咳嗽、咳痰，需要口服敏感抗生素，比如大环内酯类药物，还可以口服清热解毒、润肺止咳、化痰的中成药治疗。