三个月的婴儿出现抖动频繁，主要有以下原因：
1.寒冷。婴儿有发冷的症状，会出现抖动频繁。一般是在冬天，没有对婴儿进行适当保暖或者长时间让婴儿处于低温环境中，容易导致婴儿出现抖动频繁。严重情况下，还有可能引起婴儿着凉感冒。
2.癫痫。婴儿出现抖动频繁，也可能是癫痫疾病引起。严重情况下，还有可能出现口吐白沫和眼球上翻的表现。婴儿出现癫痫，需要及早进行抗癫痫治疗，可以遵医嘱服用抗癫痫的药物进行缓解。
3.惊厥。婴儿在高烧的情况下，也有可能出现抖动频繁，属于高热引起的惊厥，一般到6岁之后会逐渐消失。
4.缺钙。婴儿抖动频繁也有可能是缺钙引起，可以到医院进行微量元素的相关检查。