肛门上长肉球的消毒方法，应根据引起的原因而定。
如果是痔疮引起的肛门长小肉球，可用中药液或者高锰酸钾溶液薰洗坐浴进行消毒，起到消炎、止痒、消肿作用。配合服用痔疮药，外用痔疮膏或者痔疮栓，改善痔疮引起的排便出血、排便疼痛、肛门肿物脱出等症状。
如果是肛门湿疹引起的肛门长小肉球，还会伴随瘙痒症状，可用温盐水坐浴消毒，严重在医生指导下服用抗湿疹药物治疗。
如果是皮下脂肪瘤引起的肛门长肉球，较小的脂肪瘤一般不需要做消毒等特殊处理。平时注意保持肛周卫生，避免大便残余及分泌物刺激。比较大的脂肪瘤，可进行手术治疗。