通常肾囊肿对人体的危害主要是压迫肾实质，导致患者肾单位丢失。
如果严重，可能会导致肾功能异常，特别是双侧大的肾囊肿。如果肾脏同时受压导致肾实质萎缩，部分患者可能肾功能不全，从而患者全身受到影响。因此，如果肾囊肿体积较大，可能对肾实质产生更严重的压迫，甚至损害肾功能，对人体还是有一定危害。
当然，大多数患者的肾囊肿可能主要生长在肾外，一般不会产生明显压迫表现。而且，很多患者的肾囊肿体积往往较小，一般不需要特殊治疗，但是需要定期复查，所以肾囊肿对人体的危害主要是对肾功能影响。