反流性食管炎的病人一般不首选手术治疗。
手术治疗的方法目前主要是采用腹腔镜下胃底折叠术，做手术治疗的目的是阻止胃内容物和十二指肠内容物反流到食管。
抗反流手术治疗的效果和应用质子泵抑制剂效果是相当的，并且抗反流手术术后可能会出现并发症。所以，对于质子泵抑制剂治疗有效，但是需要长期维持治疗的病人，一般是根据病人的意愿来决定是否进行抗反流手术。
如果病人持续存在和反流相关的慢性咳嗽、咽喉炎以及哮喘，并且应用质子泵抑制剂疗效不佳的病人，可以考虑做抗反流手术。