宝宝小便出现疼痛感的原因有尿路感染或是寄生虫感染。
1.尿路感染，如果小男孩出现尿路感染，很可能是由于包皮过长、包皮垢积聚，从而导致逆行性感染。如果是小女孩，因为其尿道比较短，离肛门比较近，肛门排泄物会对尿道造成一定污染，从而导致尿路感染。患儿出现尿路感染后，主要表现为小便时疼痛、尿频、尿急等不适症状。
2.寄生虫感染，在婴幼儿时期很容易出现寄生虫感染，这也会导致排尿时出现疼痛感。
3.有极少部分孩子可能将异物塞进尿道，而因尿道异物引起尿道炎使小便时疼痛。