新型肺炎首先要与其它的病毒性肺炎相鉴别，例如流感病毒、副流感病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、SARS 冠状病毒等。此时单凭其临床症状、肺部CT的结果是难以鉴别的，多需要根据患者的痰液、咽拭子、血液进行相应的病毒核酸检测。
还要与肺炎支原体、衣原体、军团菌等非典型致病菌引起的肺炎相鉴别，多根据其临床表现、肺CT的影像学改变以及相应的抗原检测可以鉴别。
还要与非感性疾病相鉴别，例如肺血管炎、皮肌炎或机化性肺炎引起的间质性肺病等鉴别，多需要完善相应的抗原抗体检测，必要时行相应的病理活检。
与其它的细菌性肺炎相鉴别，此时根据其血常规、降钙素原、肺部CT的结果，痰培养、痰涂片相鉴别。