二尖瓣手术后最常见的后遗症为感染性心内膜炎，发生于1%~6%的人工瓣膜病人，人工瓣膜病人罹患感染性心内膜炎的风险是普通人群的50倍。发生感染性心内膜炎后，除赘生物形成外，常致人工瓣膜部分破裂、瓣周漏、瓣环周围组织和心肌脓肿。
做过二尖瓣置换手术后，因置换的瓣膜与自身心脏不匹配，一部分病人仍然会出现二尖瓣狭窄或二尖瓣关闭不全的情况。一般都较轻微，不影响血流动力学稳定。
做过二尖瓣置换手术后需长期服用抗凝药物，如果未遵医嘱服用，会大大增加出血的风险。