低颅压综合症常见的鉴别诊断如下：
第一，蛛网膜下腔出血，低颅压综合症的患者会出现头晕、头痛等症状。当本病发作的时候，患者会出现头痛、恶心、呕吐，头部CT检查，明确诊断，低颅压综合症有脑积液穿刺的病史。
第二，癫痫发作，低颅压综合症发作的时候，有可能会出现晕厥，癫痫大发作的时候，也会出现晕厥的发生，本病做脑电图会有癫痫波。
第三，偏头痛发作，偏头痛的患者会出现额颞部搏动性的头痛症状，会持续4到72小时，患者无脑脊液的穿刺病史。