毛发移植的后遗症主要是对于取发区域，可能会根据手术操作的方法不同，留下轻重不一的瘢痕。
如果是传统的取发方法，候诊区留下的瘢痕是比较大的，是一条长约20cm的线性瘢痕。如果是现在的环钻取发法，会留下点状的瘢痕，只有在剃非常短的头发的时候，暴露头皮才能看到这种印记，并且会感到头发的密度略比周围降低，这就是取发之后可能会留下的后遗症。
在毛发移植的位置，毛发的密度情况以及种植的方向性，会有一定的后遗症影响。但是相对现在的微针植发法，这种情况都会得到很好改善。但是求美者要根据自身的情况，选择不同的毛发移植数量，这样才能保证效果。如果医生告知需要植3000根头发，而由于费用的问题，只选择500根，自然毛发移植的效果是很难达到非常满意的。