原发性IgA肾病是怎么引起的，到目前为止还没有完全弄清楚发病的原因。
由于IgA肾病病理检查是以IgA和C3在系膜区的沉积为主，所以提示本病发生的原因可能是由于循环中的免疫复合物在肾脏内沉积，激活补体而导致肾脏疾病。
目前研究还认为，由于感染等因素刺激自身抗体的产生，免疫复合物形成，沉积于肾小球，产生炎症反应，继而刺激系膜细胞增殖和细胞外基质聚集等，最终导致肾小球的硬化和间质的纤维化。
通常原发性IgA肾病起病非常隐匿，常常表现的是无症状性的血尿，或者蛋白尿，很多患者是因为在体检的过程中偶尔发现本病。有些病人起病前数小时或者数日内，有上呼吸道或者有消化道感染的病史，随后发现有肉眼血尿。