大多数的脐尿管囊肿，都为先天性因素所引起。比如尿囊管出现了先天性的退化不全，就可导致脐尿管囊肿。
也有部分脐尿管囊肿为手术因素所引起，比如在进行手术时，可能会对脐尿管造成损伤，就会导致脐尿管所分泌的黏液过多，就可形成脐尿管囊肿。如果在术后出现了炎症感染，会刺激囊肿，使囊肿逐渐增大，并且出现疼痛的症状。
因此，在做完手术以后，应当密切关注自身症状的变化，如果出现了异常，应及时地进行检查和治疗。如果存在感染因素，要尽早进行抗感染治疗。