精子头部畸形率高的病因较多，应进行检查后再对症治疗。若为生活不规律、不良习惯过多所致，应及时改正，调整作息加强锻炼。
在饮食方面也要在医生建议下进行改善，若病人有酗酒、烟瘾重的不良爱好，及时改正。烟草中含有量较大的尼古丁，而酒中含有的酒精摄入过多，也可能导致精子头部畸形的概率升高。
如果是炎症引起的畸形率升高，可采用药物治疗的方法进行病症的治疗；如果是器质性病变，如果情况严重时，可在医生指导下，选择药物或手术治疗。