单纯性肾囊肿通过手术治疗后，一般是可以将其治愈的；但是，部分患者也可能会有复发的可能。
大的囊肿在腹腔镜下将囊壁切除，囊液抽吸干净就可以将其治愈，肾囊肿，一般不会对病人有很大的影响。但是，如果是多囊肾，目前没有特效的治疗手段。因为它是一种遗传性疾病，目前医学不能治愈，一般都是通过保肾降压治疗。
如果疾病进展到尿毒症阶段，这个时候只能采取透析，或者是移植等肾脏替代治疗方式，患者的生活质量会明显下降。如果出现严重并发症，还可以导致死亡。