深部的肛周脓肿可以引起发烧，而浅部得肛周脓肿一般不会引起明显的全身症状。
从解剖的角度看，肛门是身体很多组织的交汇处，因此肛门周围软组织内存在有很多深浅不一的间隙。当肛腺阻塞感染后，脓液容易扩散到肛门的间隙内而引起肛周脓肿。
浅部的肛周脓肿表现为肛门肿块、胀痛明显。位置深的肛周脓肿肛门局部查体无明显的表现，但患者会有肛门的坠胀不适感，以及肛周软组织的胀痛，同时伴有发热等全身症状，体温可高达39度以上，使用退烧药物不易降温。