也有一部分瘢痕妊娠患者，最终可以发生自然流产的问题。
因为有一部分瘢痕妊娠患者是着床比较浅，也有的是胚胎质量问题等，导致胚胎发育受到影响；有的出现阴道出血等先兆流产症状，或者是检查对比已经停止发育了。
也有一部分患者最终会自动脱落发生自然流产，但是也有的患者会有部分绒毛组织附着在瘢痕位置，而导致比较长时间的出血，或者是血液HCG下降太慢。这样的人群必要时也可以加上氨甲蝶呤，或者米非司酮片等来帮助做治疗。