因为脊索瘤在临床上它是一种原发性恶性肿瘤，复发率很高。通常治疗上主要是以广泛完全切除加放疗为手段。
该病很容易复发，其平均生存期大约6.3年左右，所以该疾病是没有办法彻底治愈的。因为该疾病如果不进行治疗，诊断后期望寿命大约在半年到两年之间，但是不管采用哪种治疗方案，该疾病局部复发率仍然很高，预后也是非常差的，并且复发通常在术后2到3年内，也是导致患者死亡最主要的原因。