绝大多数甲亢患者是可以药物治疗的。药物治疗不会损害甲状腺及周围组织，不引起持久性的甲状腺功能减退症，比较安全。
严重并发症，像粒细胞缺乏症、肝损害的发生率不高，提高警惕，密切观察，可使并发症的发生率降低。如果合并妊娠时，可以应用，并且抗甲亢药物的治疗方便，无需特殊的设备和条件。临床上最主要的抗甲状腺药物为硫脲衍生物。
目前有丙硫氧嘧啶和甲巯咪唑。药物治疗疗程很长，至少需要半年到两年，并且药物治疗复发率仍然较高。