肠瘘和肛瘘的区别，主要是发生的部位不一样，另外，引起的临床症状也不同。
肠瘘通常是患者的腹腔中间的肠管出现瘘口或者连续性中断，比如在小肠或者在结肠，以及在手术以后，胃肠吻合口，或者是小肠吻合口等出现破口。所以导致在肠管中间的液体，包括粪便，进入到患者腹腔中间，从而引起严重的腹腔感染，比如会出现腹部疼痛、发热，甚至会出现肠鸣音减弱，或者肠鸣音消失等。
肛瘘主要是在肛门周围有瘘口，通常是继发于肛周脓肿的基础之上。检查的时候，可以发现在肛门周围有外口，一般在肛门的内部有内口，中间是有瘘管存在的。两者在诊断明确之后，一般都需要积极地进行治疗。