长期不刷牙的危害，对于口腔局部主要有牙体组织疾病、牙周组织疾病，以及口腔黏膜病。对全身危害主要会造成胃肠功能不良，还有可能会引起咽炎、胃溃疡等疾病。
长期不刷牙，导致口腔内食物残渣、软垢、牙菌斑等长期附着在牙面上，在唾液的钙磷离子参与下发生钙化，形成牙结石，刺激牙周组织可以导致慢性牙龈炎、牙周炎发生。久而久之，会导致牙周萎缩、牙槽骨吸收、牙齿松动，甚至脱落。
同时，长期不刷牙，也会导致龋齿的发生，可累及全部牙齿，引起牙痛，影响咀嚼功能。久而久之，对胃肠乃至全身，都有不良反应。