腰椎穿刺通常不会产生后遗症，但可能会产生相应的一些临床并发症。主要包括以下几个方面：
第一，腰椎穿刺产生的最大的并发症可能为脑疝的发生，腰椎穿刺以后导致脊髓腔的压力迅速的下降，形成与颅腔之间压力差，若颅内压较高且脑脊液释放越速度过快，则可能会导致脑疝的发生，危及生命。
第二，低颅压症状，腰椎穿刺若脑脊液释放过多可能会引起低颅压，患者会出现头疼、头晕等症状，表现为坐起或站立时加重，平躺时好转。
第三，腰椎穿刺若在操作过程当中引起污染可能会引起患者出现颅内感染的发生，导致高热、头痛、呕吐等症状。
第四，腰椎穿刺可能会引起马尾神经轻微受损，会使患者出现一过性针刺样、电击样腿部的抽动或者是疼痛的发生。