脑积水颅内感染的治疗主要以抗感染、脱水利尿，必要的时候可以行手术治疗。脑积水颅内感染的时候：
首先，需要给予抗感染治疗，控制颅内感染并减轻因其引起的脑水肿、脑肿胀。
其次，需要采取脱水、利尿等方法以降低脑积水，以及颅内感染导致的脑组织水肿所引起的颅内压增高。脑积水伴有颅内感染时候可以采取脑室外引流，或者是腰椎穿刺行脑脊液持续外引流，既可以降低颅内压力又能加快脑脊液的置换，对颅内感染的治疗有明确的辅助作用。
最后，待颅内感染明确控制以后，患者病情稳定的情况下，仍伴有脑积水症状者可以考虑采取脑室腹腔分流进行治疗。