生殖器上长小疙瘩的病因有多种，需要结合具体表体征及伴随的临床症状综合分析病因。
如是在生殖器皮肤接触了灰尘、避孕套等后出现小疙瘩，并且伴有局部皮肤瘙痒、红肿的表现，则考虑皮肤过敏的可能，予以抗过敏治疗即可逐渐好转。如无过敏史及过敏原接触，但有阴囊潮湿且小疙瘩有瘙痒症状，需要考虑皮肤湿疹可能，需到皮肤科就诊以明确并予以治疗。
如小疙瘩质硬，表面皮肤红、肿、痛，则考虑为生殖器皮肤炎症所致的炎性结节，需予以局部消炎治疗。平时不要刺激生殖器小疙瘩，以避免导致病情加重。