肛门肿胀要根据其病因选择用药，包括痔疮栓、痔疮膏、高锰酸钾、消炎药等。
肛门肿胀先要前往肛肠外科做肛门镜、肛门指诊等详细的检查，了解肛门肿胀的病因才能对症用药，因为不同的病因选择用药是有区别的。
如果是痔疮导致的肛门肿胀，可以给予肛门内塞痔疮栓，局部涂抹痔疮膏，结合应用五倍子洗液坐浴能消肿止痛。如果是肛裂引起的肛门肿胀，此种情况可用高锰酸钾溶液按照一定的比例坐浴，局部可以涂抹莫匹罗星软膏治疗。如果是肛周脓肿引起的，可以静脉滴注头孢类抗生素抗感染治疗，必要时手术治疗。