脑干损伤肯定会影响神经系统。脑干损伤是指中脑、脑桥和延髓的损伤，是一种严重的、致命的颅脑损伤。
临床主要表现是瞳孔大小不等、瞳孔变化多样、去皮质改变、持续性的意识障碍、呼吸中枢的抑制出现呼吸节律的变化。如心血管中枢受影响，可以出现心率及血压的改变，严重时可出现呼吸循环衰竭而导致死亡。
由于脑干有呼吸循环中枢以及众多上下行神经纤维束，因此脑干损伤对神经系统影响巨大，死亡率高、致残率高。因此脑干损伤一经发现，应该及时治疗，以抢救患者的生命，减轻致残率为目的。