在高同型半胱氨酸复杂的转换过程中，有几种关键物质在左右着这些反应，它们是维生素B6、维生素B12以及叶酸。同时，人体99%的高半胱氨酸在肾脏代谢，70%经肾脏清除。所以同型半胱氨酸测定偏高，往往会有以下的原因：
一、遗传的原因，也就是导致高同型半胱氨酸代谢必须的酶缺乏。
二、摄入的维生素B6、B12、叶酸不足所引起。
三、肾功能衰竭，血透的肾衰患者血中同型半胱氨酸水平，可以达到正常人的2-4倍，且发生血管栓塞性症状的几率显著增加。
还有一些药物如卡马西平、异烟肼等也会引起升高。大量饮用咖啡、酒、吸烟均可以导致高同型半胱氨酸升高。